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新藥開發研究所以基礎研究、轉譯醫學、新穎式製藥(含核酸藥物、醣分子藥物等)與頂尖生物科技發展為主軸,並以培育優秀人才為最終目的。沿續本校中西醫藥發展特色,利用現有生物醫學資源與設備,以轉譯醫學、新藥開發及生物科技完整研究為導向,結合生醫產業等發展重點設計多元化課程,進一步培育碩士級和博士級並具備有生物醫學科技執行力、洞察力與獨立研究能力的專業人才。